成功的預處理能延緩膜表面的結垢，保護膜材料免受敏感物質的破壞，但隨著時間推移，膜表面仍發生化學污染（金屬氧化物、膠體等）和生物污染（細菌粘泥等），因此定期清洗應視為系統操作的重要部分。當反滲透性能下降到一定程度時，就要進行及時有效地化學清洗，恢復系統性能，避免造成嚴重膜污染而難以恢復。?

水力沖洗

DTRO膜組件在每次系統關閉時自動進行沖洗。沖洗時間一般設定為15—20分鐘。主要目的是采用DTRO的透過液，利用流體的紊流作用使污染物自膜面剝離而被沖走，并防止停機狀態下滲濾液中的污染物在膜片表面沉積。

化學清洗

?DTRO系統中，要求每級DTRO的回收率是一定的，當膜污染發生時，系統為了達到既定的回收率，便不斷增大操作壓力，同時跨膜壓差不斷上升，當操作壓力迅速升高時系統需要化學清洗。
化學清洗的關鍵是清洗周期、清洗水溫、清洗劑濃度和pH、不同清洗劑的使用順序。

（1）清洗劑

DTRO系統采用多級清洗，堿性清洗和酸性清洗交替使用，堿性清洗主要清除膜表面吸附沉積的生物薄膜、膠體污泥大多數天然有機物，其pH略低于12，但不可超過12，以保護膜柱。酸性清洗劑pH值在3~4，主要清除金屬氧化物及其他無機污染物。兩種清洗劑在使用時都要稀釋到5~10%。

（2）清洗步驟

膜組的清洗由系統自動控制，當膜閥壓力上升很快時，系統在控制面板提示需要清洗。堿性清洗劑和酸性清洗劑分別存放在儲罐中。清洗劑準備好后，從控制面板上單擊“清洗”按鈕，清洗劑經注入泵被抽到緩沖泵中加熱到40℃，然后通過離心泵到砂濾器入水口，并在膜組系統內循環，清洗完畢后的液體排到調節池。清洗時間一般持續2小時。

（3）清洗周期

清洗周期取決于進水的化學和有機污染物濃度。兩級DTRO需分段進行清洗。清洗周期可根據膜的運行狀態進行人工設定。例如，一級DTRO累計工作100小時進行一次堿性清洗，累計工作200小時進行一次酸性清洗，清洗時間一般持續3小時。二級DTRO由于進水污染較小，需要清洗的時間間隔更長，大約600小時進行一次堿性清洗。當兩種清洗同時進行時，為保證最佳清洗效果，必須先進行堿性清洗在進行酸性清洗。